Depuis la création très remarquée, en 1967, de sa première œuvre d'orchestre au Festival de Royan - proposée par Olivier Messiaen - il impose une écriture complexe, tourmentée, très pointilleuse dans le détail de la nuance, de l'attaque, du rythme. D'origine sérielle, il essaie d'élargir ce système à un univers qui lui est propre. La virtuosité instrumentale y tient un rôle central et, de plus en plus, Jacques Lenot collabore avec les créateurs de sa musique, pour en repousser encore les frontières. Pourtant, quelque soit leur degré d'abstraction, ses oeuvres dévoilent un univers poétique d'une rare intensité.Il a réalisé un important corpus pianistique que Winston Choi (lauréat du Concours International d'Orléans 2002) a enregistré intégralement et lui a valu un "Choc" du Monde de la Musique ainsi que le Grand Prix du disque de l'Académie Charles Cros. Il reçoit également le Prix de Printemps de la SACEM et est fait Chevalier des Arts et Lettres.
Son opéra "J'étais dans ma maison et j'attendais que la pluie vienne" d'après Jean-Luc Lagarce, est commandé et créé par le Grand-Théâtre de Genève fin janvier 2007.
Depuis " Il y a", d'après Emmanuel Levinas - installation sonore co-commandée par le Festival d'Automne à Paris et l'IRCAM, avec le soutien de la SACEM - créé à l'église Saint-Eustache à Paris le 29 septembre 2009 - Jacques Lenot a répondu à une commande chorégraphique du Festival Printemps des Arts de Monte-Carlo, a écrit "Effigies", l'œuvre imposée pour l'épreuve finale du Concours International de piano d'Orléans 2012, avec le Quatuor Diotima.
Sollicité pour commémorer le deux centième anniversaire de la naissance de Richard Wagner en octobre 2013 à Genève pour un festival spécialement créé, il compose "D'autres murmures" pour trompette et grand orchestre.
Il a réalisé une nouvelle installation sonore mixte - "Isis & Osiris - commande de l'IRCAM pour environnement électronique et septuor instrumental à vent, dont la mise en ligne a été faite par Radio France sous la rubrique "Nouvosons" depuis sa création le 13 janvier 2014. L'enregistrement des trois "Erinnern als Abwesenheit" d'après Paul Celan, couplé avec Chiaroscuro a obtenu le Grand Prix du Président de la République de l'Académie Charles Cros et a été nominé au Grand Prix des Lycéens 2014.
Le Festival Printemps des Arts de Monte-Carlo lui a commandé une oeuvre pour commémorer son trentième anniversaire. L'enregistrement des sept quatuors à cordes écrits entre 1998 et 2013 vient d'être effectué par le Quatuor Tana. Jacques Lenot a été elevé au grade d'Officier des Arts et Lettres.
